داستان بازی حول محور یک نسخه جوان‌تر از لارا کرافت می‌چرخد که به تازگی تحصیلات خود در باستان‌شناسی را به پایان رسانده و برای کشف تمدن‌های گمشده وارد اولین ماجراجویی بزرگ خود می‌شود. او به همراه تیمش سوار کشتی Endurance می‌شود تا جزیره مرموز یاماتای را در دریای شیطان (Dragon’s Triangle) پیدا کند.اما کشتی آن‌ها در طوفان غرق می‌شود و لارا به تنهایی در جزیره‌ای خطرناک و مرموز بیدار می‌شود. این جزیره پر از دشمنان مرموز و بقاهای خطرناک است. لارا باید مهارت‌های خود را برای بقا پیدا کند، با دشمنان بجنگد و رازهای تاریک جزیره را کشف کند. در طول بازی، او از یک فرد ترسو به یک جنگجوی بی‌رحم تبدیل می‌شود